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Prevotella nigrescens ATCC 33563T 균주-특이 중합효소연쇄반응 프라이머 개발

미생물학회지 2008년 44권 3호 p.212 ~ 220
송수근 ( Song Soo-Keun ) - 조선대학교 치과대학 구강생물학연구소

유소영 ( Yoo So-Young ) - 조선대학교 치과대학 구강생화학교실
김화숙 ( Kim Hwa-Sook ) - 전남과학대학 치위생과
김미광 ( Kim Mi-Kwang ) - 조선대학교 치과대학 구강생물학연구소
김도경 ( Kim Do-Kyung ) - 조선대학교 치과대학 구강생리학교실
임선아 ( Lim Sun-A ) - 전남과학대학 치위생과
박재윤 ( Park Jae-Yoon ) - 조선대학교 의과대학 생화학분자생물학교실

Abstract

본 연구는 Prevotella nigrescens ATCC 33563T에 대한 균주 특이 DNA 프로브라고 보고된 Pn10 프로브의 균주 특이성을 한국인에서 분리된 P. nigrescens의 임상분리 균주를 이용하여 검증하고, P. nigrescens ATCC 33563T 균주 특이 PCR 프라이머를 개발하고자 시행되었다. P. nigrescens와 유전학적으로 가장 가까운 Prevotella intermedia를 포함한 구강 내 치주질환 원인균종인 5균종의 표준균주 및 참고균주, 그리고 P. nigrescens와 P. intermedia의 임상 분리 균주를 이용하여 Southern blot 분석법을 시행하였다. Southern blot 분석 결과 Pn10 DNA 프로브에 P. nigrescens ATCC 33563T 및 ChDC KB6 두 균주 지놈 DNA가 검출되었다. P. nigrescens KB6 균주에서 Pn10 DNA 프로브와 상동성이 있는 부위를 PCR법으로 증폭(KB6-Pn10)하여 클로닝한 다음 Pn10 DNA 프로브와 같이 핵산염기서열을 결정하여 상동성을 비교하였다. 그 결과 Pn10과 KB6-Pn10의 핵산염기서열간의 percent identity는 98.8%였으며, divergence는 0.6%였다. Pn10 DNA 프로브의 핵산염기서열을 바탕으로 두 종류 프라이머 쌍(Pn10-F-AC/ Pn10-R-AC 및 Pn10-F-A/ Pn10-R-A)을 설계 및 제작하여 P. nigrescens ATCC 33563T에 대한 균주 특이성을 PCR법으로 검증하였다. 이들 프라이머 쌍들의 민감도(sensitivity) 조사 결과, 이들은 P. nigrescens ATCC 33563T 지놈 DNA 4 pg까지 검출할 수 있음을 알았다. 이상의 연구 결과를 종합하면, Pn10 DNA 핵산염기서열을 바탕으로 설계된 Pn10-F-AC/ Pn10-R-AC 및 Pn10-F-A/ Pn10-R-A 프라이머 쌍들은 P. nigrescens ATCC 33563T를 신속 정확하게 검출하는 수 있어, 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

키워드

detection;DNA probe Pn10;PCR primer;Prevotella nigrescens ATCC 33563T
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KCI