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DNA 형태 적응을 거쳐 P2sir-관련 도움파지 비효율성을 극복하는 박테리오파지 P4 sid + 유도체 정성 연구

Characterization of the bacteriophage P4 sid + P2sir-associated helper inefficiency through DNA conformational adaptation

미생물학회지 2016년 52권 1호 p.120 ~ 124
김경진 ( Kim Kyoung-Jin ) - 선문대학교 건강보건대학 제약생명공학과

Abstract

P2-크기 머리에 packaging 될 특정 DAN 크기(28?29 kb long)와 박테리오파지 P4 유전자 sid의 변이가 “P2 sir-관련 도 움파지 비효율성”을 극복할 수 있는 요소로 압축되었다. 유전 자 sid의 변이 여부가 필수적인지를 확인하기 위해, 정상적인 sid 유전자를 가지며 P2sir3-크기의 큰 머리에 packaging 될 DNA 크기가 28.5 kb되는 P4 delRI::kmr을 사용하여 실험하였 다. P4 delRI::kmr이 P2 sir3 용원소에 대해 낮은 EOP를 보이 므로, 이를 증가시키기 위해 P2 sir3 용원소를 숙주세포로 하 여 파지 stock을 제조하였다. 이 과정에서 P4 delRI::kmr이 P2 sir3 용원소에 대해 적응하는 것을 관찰하고, CsCl 부양 균등 밀도 편차실험과 분리된 DNA의 전기영동을 통해 그것이 packaging 될 머리 크기에 따른 DNA 형태 변화에 의한 적응이 라는 것을 알아냈다. P2 sir3 용원소에 적응된 P4 delRI::kmr과 적응되지 않은 P4 delRI::kmr stock의 burst size 결정 실험은, sid 유전자 변이에 상관없이 packaging 될 DNA 크기에 의해 “P2 sir-관련 도움파지 비효율성”이 극복된다는 것을 보여주었다.

A certain size of DNA (28?29 kb long) to be packaged into P2-size head and the mutation in sid gene of bacteriophage P4 are the major factors to overcome “P2 sir-associated helper inefficiency”. To clarify whether the presence of sid mutation is essential to overcome “P2 sir-associated helper inefficiency” or not, we tested the P4 derivative, P4 delRI::kmr, which is sid +and whose genome size supposed to be 28.5 kb long in the case of being packaged into P2sir3-sized large head. As P4 delRI::kmr showed the low EOP with P2 sir3 lysogen, P4 delRI::kmr phage stock was prepared in P2 sir3 lysogen host to increase the EOP with P2 sir3 lysogen. Through this process, P4 delRI::kmr had been adapted for P2 sir3 lysogen. With a CsCl buoyant equilibrium density gradient experiment and gel electrophoresis of the isolated DNA, it was evident that the adaptation of P4 delRI::kmr for P2 sir3 lysogen was caused by the conformational change of DNA to be packaged into large head. The burst size determination experiments with P4 delRI::kmr phage stock adapted for P2 sir3 lysogen and normal P4 delRI::kmr phage stock showed that not the sid mutation but the size of DNA to be packaged (28?29 kb long) was essential to overcome “P2 sir-associated helper inefficiency”

키워드

adaptation; bacteriophage P2-P4; DNA conformation; sid mutation; sir mutation
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KCI