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농흉 환자의 흉막액에서 분리된 Bifidobacterium dentium strain ATCC 15424의 유전체 염기서열 해독

Genome sequence of Bifidobacterium dentium strain ATCC 15424 originally isolated from pleural fluid of an empyema patient

미생물학회지 2019년 55권 3호 p.280 ~ 282
문지회 ( Moon Ji-Hoi ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실

김수진 ( Kim Sue-Gene ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실
양석빈 ( Yang Seok-Bin ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실
장은영 ( Jang Eun-Young ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실
신승윤 ( Shin Seung-Yun ) - 경희대학교 치과대학 치주과학교실
 ( Lee Jin-Yong ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실
이재형 ( Lee Jae-Hyung ) - 경희대학교 치과대학 악안면생체공학교실

Abstract

본 논문에서는 농흉 환자의 흉막액에서 분리된 Bifidobacterium dentium ATCC 15424균주의 유전체 염기서열을 분석하여 보고한다. 이 균주의 유전체는 구강에서 분리된 다른 B. dentium 균주에 존재하지 않는 type III 및 IV secretion system proteins, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase 그리고 PRTRC system protein E를 암호화하는 유전자 등 247개의 ATCC 15424균주특이적인 유전자들을 포함한다. 이 유전체의 서열 정보는 B.
dentium의 자연적 변이와 세균 종 내의 유전체 다양성을 이해하는 데 유용할 것이다.

We present here a draft genome sequence of Bifidobacterium dentium strain ATCC 15424, originally isolated from pleural fluid of an empyema patient. The genome is 2,625,535 bp in length and has a GC content of 58.5%. The genome includes 2,154 protein-coding genes, 4 rRNAs, and 55 tRNAs. Unlike other B. dentium strains isolated from human dental caries, ATCC 15424 carries 247 strain-specific genes, including prophage remnants and type III/IV secretion system proteins, N-acetylmuramoyl- L-alanine amidase, and PRTRC system protein E. The sequence information will contribute to understanding of the natural variation of B. dentium as well as the genome diversity within the bacterial species.

키워드

Bifidobacterium dentium; genome; pleural fluid isolate
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KCI