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해수에서 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44의 초안 유전체 서열분석

Draft genome sequence of Pelagicola sp. DSW4-44 isolated from seawater

미생물학회지 2019년 55권 3호 p.283 ~ 285
오지성 ( Oh Ji-Sung ) - 충북대학교 자연과학대학 미생물학과

노동현 ( Roh Dong-Hyun ) - 충북대학교 자연과학대학 미생물학과

Abstract

이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261)의 초안 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.85 Mbp의 길이 및 54.3%의G + C 함량으로 구성되었고, 전체 4,566개의 단백질 암호 유전자, 3개의 rRNA 유전자, 48개의 tRNA 유전자, 3개의 noncoding RNA 유전자 및 67개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다. 초안 유전체에서 균주 DSW4-44는 Pelagicola 속의다른 균주에서 발견되지 않는 이화적 질산염의 암모늄 환원과탈질화의 질소대사 유전자를 가지고 있었다.

The draft genome sequencing for Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261), isolated from deep seawater of East Sea in Korea, was performed using Illumina HiSeq platform. As a result, the draft genome was comprised of a total length of approximately 4.85 Mbp with G + C content of 54.3%, and included a total of 4,566 protein-coding genes, 3 rRNA genes, 48 tRNA genes, 3 non-coding RNA genes, and 67 pseudo genes. In the draft genome, the strain DSW4-44 contained genes involved in the nitrogen metabolism of dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) and denitrification, which were not found other strains in the genus Pelagicola.

키워드

Pelagicola sp. DSW4-44; draft genome sequence; Illumina HiSeq
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KCI