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인돌 분해 산화활성을 보유한 Roseobacter sp. TSBP12의 유전체 분석

Draft genome sequence of Roseobacter sp. TSBP12 containing oxygenase activity to degrade indole

미생물학회지 2020년 56권 1호 p.69 ~ 71
김해선 ( Kim Hae-Seon ) - 환동해산업연구원

차선호 ( Cha Sun-Ho ) - (주)제노텍
석호영 ( Suk Ho-Young ) - 영남대학교 생명과학과
박년호 ( Park Nyun-Ho ) - 환동해산업연구원
우정희 ( Woo Jung-Hee ) - 환동해산업연구원

Abstract

Roseobacter sp. TSBP12는 aromatic hydrocarbon을 분해하는 균주로 태안반도 유류 오염 갯벌에서 분리되었다. 기존연구에서 인돌 분해하여 인디고를 생성할 수 있는 강한 산화효소 활성을 가지는 것으로 알려진 이 균주의 유전정보가 본연구에서 최초로 분석되었다. 96개의 contig가 생성되었으며전체 유전체의 크기는 4,393,160 bp에 58%의 G + C 함량을 가진 것으로 측정되었다. 본 유전체 분석으로 다양한 산화효소유전자들이 발견되었으며, 특히 인돌을 전환시켜 인디고를 생성하는데 관여하는 aromatic-ring hydroxylating dioxygenase 의 두 subunits (α와 β)와 단일 효소로서 flavin containing monooxygenase (FMO)가 발견되었다.

Roseobacter sp. TSBP12, a polyaromatic hydrocarbon (PAH) degrading bacterium, was isolated from an oil-contaminated sediment sample. This strain has been known to contain a strong oxidative/degradative activity of indole to produce indigo. In this study, the genomic structure of this strain was characterized using Ion Torrent PGM platform for the first time. A total of 96 contigs were generated, and the genome size was predicted to be 4,393,160 bp with the G + C content of 58.0%. Our analysis also revealed that this genome contained multiple oxygenases, including two subunits (a and b) of aromatic-ring hydroxylating dioxygenase and a flavin containing monooxygenase (FMO) that are known to be involved in the bioconversion of indigo from indole.

키워드

Roseobacter; draft genome; indigo; indole; oxygenase activity
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