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인삼토양에서 분리한 진세노사이드 전환능력이 있는 Pseudobacter ginsenosidimutans Gsoil 221 T의 유전체 서열 분석

Complete genome sequence of a ginsenoside-converting bacterium, Pseudobacter ginsenosidimutans Gsoil 221 T , isolated from the soil of a ginseng field

미생물학회지 2020년 56권 1호 p.92 ~ 93
류청매 ( Liu Qing Mei ) - 국립한경대학교 농업생명과학대학 생명공학과

이병희 ( Lee Byoung-Hee ) - 국립생물자원관
이기은 ( Lee Ki-Eun ) - 국립생물자원관
김상용 ( Kim Sang-Yong ) - 신안산대학교
위지향 ( Wee Ji-Hyang ) - 신안산대학교
임완택 ( Im Wan-Taek ) - 국립한경대학교 농업생명과학대학 생명공학과

Abstract

인삼토양으로부터 분리한 Pseudobacter ginsenosidimutans Gsoil 221 T는 진세노이드 Rb1, Rc (인삼주요 유효성분중 2가지)를 진세노사이드F2로 전환하는 능력을 가지고 있었다. 본연구에서 Gsoil 221 T 균주의 전체 염기서열을 분석한 결과, Gsoil 221 T 균주는 7,797,595 bp를 가진 단일 환형 염색체로서G + C 함량은 46.9%로 구성되었다. 이 유전체는 6,115개의 유전자와 5,941개의 단백질 코딩 유전자, 117개의 위유전자 그리고 57개의 RNA 유전자를 포함하였다. 균주 Gsoil 221 T는 인삼사포닌의 당 분해에 관여하는 여러 타입의 글라이코시다제유전자, DNA 복구유전자와 항독소 시스템 유전자를 가지고있었다.

Pseudobacter ginsenosidimutans Gsoil 221 T was isolated from the soil of a ginseng field. The strain Gsoil 221 T converted the ginsenosides, Rb1 and Rc (two dominant active components of ginseng) into ginsenoside F2. The whole genome sequence of Pseudobacter ginsenosidimutans Gsoil 221 T consisted of one circular chromosome comprised of 7,797,595 bp, with a DNA G + C content of 46.9%. Of the 6,115 predicted genes, 5,941 protein-coding genes, 57 RNA genes, 117 pseudogenes and 1 CRISPR array were identified. A whole genome analysis of strain Gsoil 221 T showed glycoside hydrolase genes, DNA mismatch repair genes, and antitoxin system genes.

키워드

Pseudobacter ginsenosidimutans; complete genome; ginseng field; glycoside hydrolase; PacBio RS II
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