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RNA-sequencing을 이용하여 콩에서 동정한 Peanut mottle virus의 전체 유전체 서열

Complete genome sequence of Peanut mottle virus identified from soybean (Glycine max L.) using RNA-sequencing

미생물학회지 2020년 56권 3호 p.318 ~ 320
조연화, 최호성, 최수연, 김상민, 이봉춘, Cho Won-Kyong,
소속 상세정보
조연화 ( Jo Yeon-Hwa ) - Seoul National University College of Agriculture and Life Sciences Research Institute of Agricultrue and Life Sciences
최호성 ( Choi Ho-Seong ) - Seoul National University College of Agriculture and Life Sciences Agricultural Biotechnology
최수연 ( Choi Soo-Yeon ) - Rural Development Administration National Institute of Crop Science Crop Foundation Division
김상민 ( Kim Sang-Min ) - Rural Development Administration National Institute of Crop Science Crop Foundation Division
이봉춘 ( Lee Bong-Choon ) - Rural Development Administration National Institute of Crop Science Crop Foundation Division
 ( Cho Won-Kyong ) - Seoul National University College of Agriculture and Life Sciences Research Institute of Agricultrue and Life Sciences

Abstract

콩 감염 바이러스를 동정하기 위하여 바이러스 병증을 보이는 콩 잎 샘플을 채취하였다. 채취한 잎 샘플은 RNA-sequencing 에 이용되었다. 전사체 조립 및 BLAST 검색을 통해 Potyvirus 속 및 Potyviridae과에 속하는 Peanut mottle virus (PeMoV)를동정하였다. PeMoV 분리주 Daegu의 유전체는 9,708 뉴클레오티드로 구성되어 있으며, 폴리펩타이드(3,099 aa)와 PIPO (74 aa) 단백질을 코딩한다. 이용 가능한 PeMoV 10개 유전체를 이용하여 계통수 분석을 수행한 결과 PeMoV 분리주 Daegu는한국, 중국, 케냐 및 브라질에서 동정된 다른 PeMoV 분리주와그룹을 이루었다.

To identify viruses infecting soybean (Glycine max L.), we collected soybean leaf samples showing viral disease symptoms and subjected them to RNA-sequencing. De novo transcriptome assembly followed by BLAST search identified Peanut mottle virus (PeMoV) belonging to the genus Potyvirus in the family Potyviridae. We obtained the complete genome of PeMoV isolate Daegu with 9,708 nucleotides encoding polypeptide (3,099 aa) and pretty interesting potyviridae ORF (PIPO) (74 aa) proteins. The phylogenetic analysis using 10 available complete genomes for PeMoV isolates demonstrated that PeMoV isolate Daegu is grouped with five other PeMoV isolates from Korea, China, Kenya, and Brazil.

키워드

genome; peanut mottle virus; RNA-seq; soybean; virus

원문 및 링크아웃 정보

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