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알긴산을 분해하는 해양 박테리아 Falsirhodobacter sp. PG104의 유전체 염기서열 분석

Complete genome sequence of Falsirhodobacter sp. PG104, an alginate-degrading marine bacterium

미생물학회지 2020년 56권 3호 p.327 ~ 330
권용민, Patra Ajit Kumar, 정다운, 양영익,
소속 상세정보
권용민 ( Kwon Yong-Min ) - National Marine Biodiversity Institute of Korea
 ( Patra Ajit Kumar ) - Ewha Womans University Division of Ecoscience
정다운 ( Chung Da-Woon ) - National Marine Biodiversity Institute of Korea
양영익 ( Yang Young-Ik ) - National Marine Biodiversity Institute of Korea

Abstract

Rhodobacteraceae 과에 속하는 신종 해양 세균은 대한민국포항의 해안가에서 채집한 적조류로부터 분리되었으며 PG104 균주로 명명하였다. 이 균주의 유전체는 66.68% GC 함량과2,279,458 bp 크기를 가진 1개의 염색체와 5개의 플라스미드(크기가 44,911 bp에서 175,961 bp 범위에 속하는 플라스미드pL104-1, pL104-2, pL104-3, pL104-4, pL104-5)로 구성되어있다. 또한 2,643개의 단백질-코딩 염기서열, 51개의 tRNA 유전자 및 9개의16S-23S-5S 관련 rRNA operon를 포함한다. 나아가 PG104 균주의 유전체에는 해조류 유래 다당류를 분해할 수 있는 알긴산 분해효소 유전자가 존재하는 것으로 나타났다.

A novel marine bacterium belonging to the family Rhodobacteraceae was designated as strain PG104 after being isolated from red algae collected in the coastal region of Pohang, South Korea. The genome consists of one circular chromosome of 2,279,458 bp with 66.68 GC mol% content and five plasmids; pL104-1 to pL104-5 with lengths ranging from 44,911 bp to 175,961 bp. Furthermore, the genome contains 2,643 protein-coding sequences (CDSs), 51 tRNA genes, as well as 9 rRNA operons as 16S-23S-5S rRNA. Genome analysis revealed that the PG104 strain harbors alginate lyase genes, which are responsible for the degradation of algal polysaccharides.

키워드

Rhodobacteraceae; Oxford Nanopore GridION; polysaccharide; red algae

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