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청국장에서 분리한 Pediococcus acidilactici strain SRCM103444의 유전체 염기서열

Complete genome sequence of Pediococcus acidilactici strain SRCM103444 isolated from cheonggukjang

미생물학회지 2020년 56권 3호 p.334 ~ 336
차인성, 정성엽, 강우림, 이제희, 정도연, 김병용, 조민석,
소속 상세정보
차인성 ( Cha In-Seong ) - ChunLab Inc.
정성엽 ( Jeong Seong-Yeop ) - Microbial Institute for Fermentation Industry
강우림 ( Kang Woo-Rim ) - ChunLab Inc.
이제희 ( Lee Je-Hee ) - ChunLab Inc.
정도연 ( Jeong Do-Youn ) - Microbial Institute for Fermentation Industry
김병용 ( Kim Byung-Yong ) - ChunLab Inc.
조민석 ( Cho Min-Seok ) - ChunLab Inc.

Abstract

Pediococcus acidilactici는 식품 및 항생제 개발 부분에서산업적으로 이용되는 프로바이오틱스 균주이다. Pediococcus acidilactici SRCM103444는 청국장에서 분리하였으며, 표준발효균주 대상으로 선별되었다. Pediococcus acidilactici SRCM 103444 균주 유전체의 염기서열은 Pacific Biosciences (PacBio) single-molecule real-time (SMRT) RS II platform으로 분석하였으며, 1,970,727 bp 크기로 GC 비율은 42.1%의 환형 구조를가지고 있는 것으로 확인 되었고, 유전체 이외의 플라스미드는 존재하지 않았으며, 유전체는 1,833개의 단백질 코딩 유전자와 71개의 RNA (15 rRNA, 56 tRNA)로 구성되어 있음을 확인하였다. 유전체에서 젖산 생성 및 알코올 내성 효소와 관련된 유전자들이 발견이 되었다. 본 유전체 분석 결과는 건강기능식품 생명공학 분야에서 균주 SRCM103444가 젖산 발효와알코올 내성 활성과 관련이 있을 가능성을 보여준다.

Pediococcus acidilactici is a probiotic bacterium that is industrially utilized in the food industry and antibiotics development. The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a lactic acid bacteria P. acidilactici SRCM 103444 isolated from cheonggukjang. The genome of strain SRCM103444 is circular chromosome of 1,970,727 bp with a G + C contents of 42.1%, and included 1,833 protein coding genes and 71 RNA genes (15 rRNA genes, 56 tRNA genes).
Genes related to lactic acid production and alcohol tolerant enzymes were detected in the genome. The genome analysis showed that strain SRCM103444 might be associated with lactic acid fermentation and alcohol tolerant activity in the nutraceutical biotechnology field.

키워드

Pediococcus acidilactici; cheonggukjang; complete genome; lactic acid bacteria

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