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강물에서 분리한 중금속 내성 세균 Cupriavidus sp. SW-Y-13 균주의 유전체 해독

Draft genome of a heavy-metal-resistant bacterium, Cupriavidus sp. strain SW-Y-13, isolated from river water in Korea

미생물학회지 2020년 56권 3호 p.343 ~ 346
Baek Ki-Woon, 남영호, 정유진, 최아영,
소속 상세정보
 ( Baek Ki-Woon ) - Nakdonggang National Institute of Biological Resources
남영호 ( Nam Young-Ho ) - Nakdonggang National Institute of Biological Resources
정유진 ( Chung Eu-Jin ) - Nakdonggang National Institute of Biological Resources
최아영 ( Choi Ah-Young ) - Nakdonggang National Institute of Biological Resources

Abstract

Cupriavidus sp. SW-Y-13 균주는 2019년 한국의 강물에서분리된 호기성 그람 음성 막대 모양의 세균이다. PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 초안 유전체를 얻었으며, 5개의 원형 염색체로구성되어있다. SW-Y-13 균주의 유전체 크기는 총 7,307,793 bp, G + C 함량은 63.1%이다. 16S rRNA 유사도에 따르면 SW-Y- 13 균주는 Cupriavidus metallidurans (98.4%)와 가장 밀접한관련이 있다. 유전체 분석을 통해 총 6,613개의 유전자와 6,539 개의 CDS, 12개 rRNA, 61개 tRNA, 4개 ncRNA를 포함하였다. CO2+에 대한 내성은 주로 czcCBA 오페론, czcD 유전자 및czcN 유전자를 포함하는 SW-Y-13 게놈에 의해 인코딩된 유출 시스템에 의해 매개된다. 이 연구는 SW-Y-13 균주의 중금속 저항 메커니즘에 대한 유용한 정보를 제공할 수 있다.

Cupriavidus sp. strain SW-Y-13 is an aerobic, Gram-negative, rod-shaped bacterium isolated from river water in South Korea, in 2019. Its draft genome was produced using the PacBio RS II platform and is thought to consist of five circular chromosomes with a total of 7,307,793 bp. The genome has a G + C content of 63.1%. Based on 16S rRNA sequence similarity, strain SW-Y-13 is most closely related to Cupriavidus metallidurans (98.4%). Genome annotation revealed that the genome is comprised of 6,613 genes, 6,536 CDSs, 12 rRNAs, 61 tRNAs, and 4 ncRNAs. Resistance to Co2+ is primarily mediated by the efflux system encoded by the SW-Y-13 genome, which includes the czcCBA operons, czcD genes, and czcN genes, among others.
This study may provide useful information on the heavy-metal resistance mechanisms of strain SW-Y-13.

키워드

Cupriavidus sp.; draft genome; heavy-metal-resistant bacterium; PacBio RS II

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