잠시만 기다려 주세요. 로딩중입니다.

Lactobacillus paraplantarum CK401의 유전체 해독

Complete genome sequence of Lactobacillus paraplantarum CK401

미생물학회지 2020년 56권 3호 p.347 ~ 350
장동일, 오현명,
소속 상세정보
장동일 ( Jang Dong-Il ) - Cotde, Inc.
오현명 ( Oh Hyun-Myung ) - Pukyong National University Institute of Liberal Arts Education

Abstract

항독감바이러스 활성을 갖는 그람 양성 종속영양 젖산 간균Lactobacillus paraplantarum strain CK401의 유전체 서열 분석결과를 실시하였다. 원형의 세균 유전체는 길이는 3,164,408 bp 였으며 43.99% G + C 비율을 가지며, 나머지 5개의 원형 플라스미드가 존재하였다: pCK401A (15,102 bp / 37.33% G + C 비율), pCK401B (15,825 bp / 40.58% G + C 비율), pCK401C (12,380 bp / 36.03% G + C 비율), pCK401D (40,656 bp / 42.00% G + C 비율), pCK401E (41,380 bp / 40.12% G + C 비율). 전체3,179개의 유전자중에 3,088개는 단백질을 코드 하며, 이중에2,061개는 단백질의 기능이 할당되었다. 유전체는 5개의 16 rRNA 오페론과 71개의 tRNA 유전자를 가지고 있었다. CRISPR 유전자 좌위는 존재하지 않았다. CK401 균주는 해당작용 및 5 탄당인산염 대사 경로가 존재하며, 젖산, 에탄올, 부탄디올 탈수소 효소 및 초산 인산화 효소에 의해 이종발효 대사(heteroferementative metabolism)를 할 것으로 예상된다. 다양한 당가수분해 효소는 47개의 유전자가 17개의 GH families에 속하였으며, 알파-아밀라아제, 알파-/베타-갈락토시다제, 베타-글루코시다제, 베타-글루쿠로니다제, 갈락타나제, 및 인버타제를 포함했다. 일부 알려진 bacteriocin 유전자와 이미 활성을확인한 히알루론산 유전자를 가지며, 항생제 내성 유전자 또한 존재하지 않는 CK401 균주의 유전체 분석을 통해 이 균주가 잠재력 있는 가축용 프로바이오틱이 될 수 있음을 보여 주었다.

Here we report complete genome sequence of Gram-positive, rod-shaped and chemoheterophic Lactobacillus paraplantarum strain CK401 with anti-avian flu activity. Circular chromosome of 3,164,408 bp with 43.99% G + C content and five circular plasmids: pCK401A (15,102 bp with 37.33% G + C content), pCK401B (15,825 bp with 40.58% G + C content), pCK401C (12,380 bp with 36.03% G + C content), pCK401D (40,656 bp with 42.00% G + C content), and pCK401E (41,380 bp with 40.12% G + C content). Total genes of 3,179 in number were predicted: 3,088 are protein coding genes and 2,061 of protein coding genes could be functionally assigned. The chromosome harbors 5 operons of 16 rRNAs and 71 tRNA genes. No CRISPR locus was found in this genome. Canonical glycoylitic and pentose phosphate pathways plus lactate/alcohol/ butanediol dehydrogenases and acetate kinase suggested that the strain may have a heteroferementative metabolism. Diverse glycosyl hydrolases (GH) were endcoded in 47 genes in 17 GH families: alpha-amylases, alpha-/beta-galactosidases, beta-glucosidases, a beta-glucuronidase, a galactanase, and an invertase.
Some bacteriocin genes and confirmed hyaluronic acid gene showed that the antibiotic-resistance-free strain CK401 will be a promising probiotic candidates for animals.

키워드

Lactobacillus paraplantarum CK401; anti-influenza; complete genome

원문 및 링크아웃 정보

등재저널 정보