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COI 기반 제한효소 절편 길이 다형성(RFLP)을 이용한 새우젓 분석

Identification of Salted Opossum Shrimp Using COI-based Restriction Fragment Length Polymorphism

Journal of Life Science 2021년 31권 1호 p.66 ~ 72
박주현, 문수영, 강지혜, 정명화, Kim Sang-Jo, 최희정,
소속 상세정보
박주현 ( Park Ju-Hyeon ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division
문수영 ( Moon Soo-Young ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division
강지혜 ( Kang Ji-Hye ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division
정명화 ( Jung Myoung-Hwa ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division
 ( Kim Sang-Jo ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division
최희정 ( Choi Hee-Jung ) - National Fishery Products Quality Management Service General Affairs Division

Abstract

국내 유통되고 있는 새우젓은 다양한 작은 새우의 집합체로, 최근 어획량 감소로 인해 국내산 새우젓의 경우 수입산에 비해 두배 이상 높은 가격에 거래되고 있으며, 이에 중국 및 베트남 등으로부터 수입된 새우젓이 국내산으로 둔갑되어 판매되는 사례가 빈번하게 발생되고 있다. 본 연구에서는 새우젓 Acetes japonicus, A. chinensis (Korea, China), A. indicus (Ⅰ, Ⅱ), Palaemon gravieri 6종류에 대하여 PCR-RFLP 마커를 개발하였다. 새우젓에서 에탄올로 염을 제거한 후 gDNA를 추출하였고, 새우젓 COI 유전자의 특이 프라이머를 제작, PCR을 진행하여 519 bp의 증폭시켰다. 증폭된 PCR산물의 염기서열분석을 토대로 Acc I, Hinf I 두 가지의 제한효소를 마커로 선정하였고, 전기영동을 통해 결과를 확인하였다. Acc I을 처리한 결과, A. japonicus, A. chinensis (Korea), A. indicus (Ⅱ)는 272, 247 bp로, P. gravieri는 271, 202, 46 bp, A. chinensis (China), A. indicus (Ⅰ)는 519 bp로 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 또한 Hinf I을 처리한 결과로는 A. chinensis (Korea, China), P. gravieri는 519 bp로 잘리지 않은 것을 확인한 반면, A. japonicus와 A. indicus (Ⅰ)는 2 band, A. indicus (Ⅱ)는 3 band를 형성하는 것을 확인 할 수 있었다. 따라서 위의 결과는 국내산과 수입산이 혼합되어있는 새우젓에 있어 보다 신속한 종판별을 할 수 있음을 시사한다.

This study developed a species identification method for the salted opossum shrimp of Acetes japonicus, A. chinensis (Korea, China), A. indicus (Ⅰ, Ⅱ), and Palaemon gravieri based on PCR-RFLP markers. Genomic DNA was extracted from the salted opossum shrimp. The COI gene was used to amplify 519 base pairs (bp) using specific primers. The amplified products were digested by Acc I and Hinf Ⅰ, and the DNA fragments were separated by automated electrophoresis for RFLP analysis. When the amplified DNA product (519 bp) was digested with Acc I, A. japonicus, A. chinensis (Korea), and A. indius (Ⅱ) showed two fragments, whereas a single band of 519 bp was detected in A. chinensis (China) and A. indius (Ⅰ). Also, in the RFLP patterns digested by Hinf Ⅰ, A. chinensis (Korea) and A. chinensis (China) showed a single band of 519 bp, while two fragments were observed in A. japonicus and A. indius (Ⅰ) and four fragments in A. indius (Ⅱ). The PCR amplicon of P. gravieri was digested by Acc I into 3 bands of 271, 202, and 46 bp and by Hinf I into a single band of 519 bp. Therefore, salted opossum shrimp-specific RFLP markers showing distinct differences between four species and two sub-species by PCR-RFLP analysis. Thus, the PCR-RFLP markers developed in this study are a good method for identifying the six types of salted opossum shrimp.

키워드

Mitochondrial DNA; PCR-RFLP; salted opossum shrimp; species identification

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